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Accelrys Felix Desktop 2004 (生物分子核磁共振)
  • 软件大小:0 Bytes
  • 软件语言:多语言版
  • 软件类别:国外软件 - 生物医学
  • 运行环境:Win9X/Win2000/WinXP/Win2003/
  • 软件授权:商业版解密
  • 更新时间:2010-5-26 11:46:33
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软件简介:

  Accelrys Felix Desktop 2004 (生物分子核磁共振)    
  
 
在现代核磁实验室中,迅速产生结构结果已经变得越来越重要。处理中的潜在瓶颈包括了数据处理的速度、NOESY数据归属的速度、结构计算以及结构确认的速度。为了帮助科研人员加快结构确定的进程,Accelrys提供目前应用最广泛的核磁软件工具之一。这套工具提供从光谱数据处理到结构精修与评估等一套完整的生物大分子结构确定功能。这些核磁共振谱学工具是在FELIX和InsightII环境下工作的,并且需要运行在SGI工作站/服务器上或Linux平台上。 
Felix是核磁共振(NMR)数据离线处理和谱图指认与分析软件的工业标准。它既可以运行在InsightII界面下,也可以单独运行。Felix可用于分析Bruker、Varian和JEOL等多种谱仪收集的高分辨率一维至四维同核与异核的NMR数据,具有强大的数据处理和谱图分析功能和灵活的可视化界面,帮助用户完成从核磁共振信号处理、谱峰指认归属、自旋系统检测和识别到约束条件的产生等NMR谱图分析的各个阶段的工作。 
Felix-Process可以帮助用户进行核磁共振数据的处理,如FID的傅立叶变换、基线校正、溶剂信号消除等。Felix提供了多种傅立叶变换方法,并在进行傅立叶变换之前可以进行FID数据的线性预测,以提高谱的分辨率。 
 
  对经过傅立叶变换后的谱图中的峰进行分析,需要除去干扰分析结果的膺峰。挑峰的质量直接影响到谱峰的指认归属。Felix-peak提供了对核磁共振谱峰进行挑选及处理的工具,帮助用户对大量的共振峰进行自动挑选及手工调整。Felix还包括一系列方法对共振峰进行拟合,可以对峰的面积、宽度、中心点等进行优化,以提供更精确的数据。 
  Felix-Assign是生物大分子NMR谱峰的自动和半自动归属指认程序,适用于同核、异核2D、ND的核磁共振数据的分析,有助于自旋系统的检测与识别、谱峰的归属、生成约束条件等谱图解析的各个阶段的工作。针对不同的核磁实验,Felix采用不同的方法,结合程序内部的数据库信息,对不同蛋白质残基的自旋系统进行自动指认,包括对相邻自旋系统的自动识别,帮助用户获得更准确的化学位移、J耦合常数以及NOE强度等核磁共振信息。 
  同时,Felix与结构计算模块之间有良好的兼容性,产生的约束条件可直接转换成NMR Refine DGII、NMR Refine Advanced的输入文件,用于结构计算。Felix-Model则可以在同一个界面中整合实验谱图和回算谱图,从而直观地进行指认准确性的判断,并有助于发现新的谱峰指认的信息(图5)。Felix-Model提供一个比IRMA速度更快的回算算法(Matrix Doubling)。通过比较实验谱图与从结构系统回算生成的回算谱图,可以识别原先的误指认,分辨不明确的指认,得到一些新的谱峰指认信息。将这些作为新的条件用于下一轮结构计算,可以得到更加精确的结构。模块支持来自InsightII的CAR格式及来自XPLOR的PDB格式的三维结构文件。 
  配体与蛋白质相互作用的研究是进行合理药物设计的关键。配体与蛋白质结合后会影响蛋白质结合位点处的化学环境,从而改变其核磁共振信号的化学位移。Felix-Autoscreen模块通过比较参考色谱与实验色谱之间的变化,表征蛋白质与配体之间相互作用,帮助用户将核磁共振技术用于合理药物设计。将一系列化合物配体与蛋白质进行结合,Autoscreen通过对这些复合物的实验色谱与参考色谱进行分析及打分,得到与蛋白质具有较高亲和性的化合物。其结果可用于药物设计中QSAR的分析,也可以输入到其他的药物设计软件中(如InsightII)。模块提供对MDL数据库格式文件的支持,同时支持PDB及CAR等表示分子三维结构的文件格式。 
 
Felix模块简介
  Felix 2D:用于对二维核磁共振数据进行可视化处理,包括傅立叶变换、共振峰的挑选、核磁共振数据的测定等。 Felix ND:用于对多维(2D, 3D, 4D)核磁共振数据进行可视化处理。 Felix Assign:核磁共振谱峰的归属指认目前仍然是处理生物大分子核磁共振数据的关键步骤,也是最耗时与最需要人为参与的部分。Assign模块提供生物大分子NMR谱峰的自动和半自动归属指认程序,帮助进行自旋系统的检测与识别、谱峰的归属、生成约束条件等谱图解析工作。 Felix Model:对生物大分子的三维结构进行快速的理论谱图计算,并将实验谱图、回算谱图及分子的空间结构坐标可视化的显示在同一个界面中,使用户可以直观地进行指认准确性的判断并有助于发现新的谱峰指认的信息。 Felix Analytical:该模块帮助化学家进行小分子自旋系统的指认。包括自旋系统的检测、1D/2D峰的手工指认、结构显示的控制等。 Felix Autoscreen:通过比较参考色谱与实验色谱之间的变化,表征蛋白质与配体之间相互作用,帮助用户将核磁共振技术用于合理药物设计。其结果可用于药物设计中QSAR的分析,也可以输入到其他的药物设计软件中(如InsightII)。 
 
   
    

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